Prepare-se para a aventura mais intergaláctica de Scooby e sua turma! Tudo começa quando a turma se vê presa numa cidade deserta, cheia de cientistas esquisitos e alienígenas pouco amigáveis. Depois de serem perseguidos pelos alienígenas, irem parar a bordo de um OVNI, algo ainda mais esquisito e assustador acontece: Salsicha e Scooby se apaixonam perdidamente! A corrida para solucionar este caso intergaláctico, acaba levando a turma, de uma base secreta do governo, até as misteriosas cavernas secretas nos subterrâneos da cidade.