Enquanto estão em Tóquio para um torneio de artes marciais, Scooby, Salsicha e o resto da turma da Mistérios S.A., são confrontados pelo Samurai Black, um espírito maligno que foi vencido no Japão antigo, mas foi misteriosamente ressuscitado. A fim de derrotar o samurai, a turma terá que vencê-lo em uma caça ao tesouro por toda Ásia, resolvendo enigmas e lutando contra ninjas no caminho.