2977, em um futuro que a humanidade foi expulsa da Terra, após anos de batalha. O planeta se tornou um dos recursos mais valiosos do universo, mas é controlado pela coorporação Gaia Coalition. Os humanos exilados tentam voltar à Terra para descobrirem os segredos que lá estão escondidos. A bordo da espaçonave Arcadia, o pirata exilado, Capitão Harlock luta, junto com sua fiel tripulação, pela liberdade dos exilados e pelo retorno à Terra. Em um futuro onde a desesperança toma conta das pessoas, Harlock encontra um menino e o abriga em sua nave. No entanto, esse menino foi mandado para assassina-lo.