Um cetro mágico comprado pela jornalista April O'Neill acidentalmente a transporta a para o Japão do século XVII. As Tartarugas Ninja também viajam no tempo no intuito de salvá-la, mas Michelangelo se perde do grupo. Para reencontrá-lo e salvar April, Donatello, Raphael e Leonardo precisam ajudar uma vila a enfrentar o malvado Lorde Norinaga.