Depois de anos sendo protegidos do mundo humano, os irmãos tartarugas saem para ganhar os corações dos nova yorkinos e serem aceitos como adolescentes normais através de seus atos heroicos. Sua nova amiga, April O’Neil, vai ajudá-los a derrotar um misterioso sindicado do crime, mas eles logo se veem em maus lençóis quando um exército de mutantes vai atrás deles.