Aki-Sora é sobre um casal de jovens irmãos, Aoi Aki e Aoi Sora, que partilharam de um íntimo elo desde pequenos. Com passar dos anos, se dão conta de que no fundo se amam e acabam consumando esse amor em segredo. Eles mantém a irmã mais nova, Aoi Nami, irmã gêmea de Sora nas sombras sobre esse segredo.